Könyvei gazdasági és globális kérdésekkel foglalkoznak, amelyek mélyebb betekintést nyújtanak a különböző témákba. Hat könyv, számos könyvfejezet, valamint ötvennél több tudományos közlemény szerzője.

Éltanuló válságban című könyvében a rendszerváltás után sikeresnek tűnő magyar gazdaság kudarcának okait elemzi. A válság fő oka az alacsony foglalkoztatás, amely az alacsony hozzáadott értékű, alacsony bérezésű multicégekre alapozott átmenet következménye. A megoldást a kelet-európai fejlesztő állam megteremtésében látja.

Álomunió című munkájában azt elemzi, hogy a kelet-európaiak mennyi illúziót tápláltak az EU-hoz való csatlakozással kapcsolatban, és ezen hiú reményeikben hogyan kellett sorra csalatkozniuk. A szokásos intézménytörténeti felsorolás helyett érdemi betekintést ad arról, hogyan működik valójában az EU gazdasági rendszere.
Heterodox International Political Economy (Heterodox nemzetközi politikai gazdaságtan) című könyve számba veszi a 21. századi globális gazdasággal kapcsolatos nemzetközi politikai gazdaságtani megközelítéseket.
The Political Economy of the Greek Crisis (A görög válság politikai gazdaságtana) című könyvében a 2013-as athéni kutatásainak eredményeit foglalja össze a görög válság kialakulásával, jellegével és várható jövőjével kapcsolatosan.
További könyvek
Pogátsa Zoltán könyvei révén mélyebb ismereteket szerezhetnek az olvasók a gazdasági folyamatokról és globális változásokról, valamint gyakorlati tanácsokat kapnak a mindennapi alkalmazásukhoz. A könyvek megvásárolhatók a Libri, Líra, Bookline weboldalakon, valamint elérhetők a Kossuth Kiadó könyvesvoltjaiban.
További munkái
- Regionális politika Magyarországon (Berey Katalin – Pogátsa Zoltán; Műegyetemi Kiadó, Budapest, 2002
- Europe Now: Hungary’s Preparations for the EU’s Structural and Cohesion Funds. Savaria University Press, Szombathely, 2004
- Az európai kohéziós politika gazdaságtana; szerk. Fábián Attila, Pogátsa Zoltán; Akadémiai Kiadó, Bp., 2016
- Magyarország politikai gazdaságtana. Az északi modell esélyei; Osiris Kiadó, Bp., 2016
- Katits Etelka – Pogátsa Zoltán – Zsupanekné: A nemzetgazdasági konjunktúraciklusok és vállalati életciklusok: Akadémiai Kiadó, 2017